在回答這個問題之前，我們需要明確一點，每年高校的錄取分數線都會因考試難度、報考人數以及當年高考的整體情況而有所變化。無法簡單地通過一個固定的分數來直接判斷能否被云南大學的二本專業錄取。不過，我們可以根據往年的錄取數據和趨勢來做一個大致的預測和分析。

需要了解的是2016年云南大學的二本專業錄取分數線。假設當年的云南大學二本專業錄取線在490至505分之間浮動。考生的分數是499分，對于那些理科較為激烈且與招生計劃基本保持穩定或微漲的年份，這個分數可能會處在接近但略有挑戰的位置。

我們可以考慮以下幾個因素：

考試難度分析
　　每年的高考題目難易程度是不同的，而考生分數是根據考生的整體表現和試題難易度綜合決定的。如果當年的試題相對簡單，那么分數線可能整體上浮；如果試題難度加大，那么錄取的分數線可能會相對降低。考生可以通過與自己所在地區歷年的高考試題難度進行對比，來初步判斷自己的分數在當年的競爭力。

招生計劃變化
　　云南大學的招生計劃每年都會有所調整，如果某一專業的招生計劃增加了，那么相對來說該專業的錄取分數線可能會有所下降；反之亦然。考生可以通過查詢云南大學官方公布的歷年招生計劃來了解變化趨勢。

個人情況考慮
　　除了分數之外，考生還需要考慮自己的其他情況，如填報志愿的順序、個人興趣與專業匹配度等。有時候即使分數達到了某個專業的錄取線，但由于志愿填報的順序不當或者個人對專業的偏好與實際錄取情況存在差異，也可能會影響最終的錄取結果。

結合其他數據進行綜合判斷
　　在分析以上因素后，我們還需要將歷年分數線、歷年招生計劃以及考生的具體情況進行綜合比較和判斷。可以參考一些專業的志愿填報咨詢機構的意見和建議，這些機構通常會對高校的錄取情況進行深入研究和分析，可以提供更加專業的指導。

綜合以上因素考慮，2016年理科考生考了499分想上云南大學的二本專業并非沒有可能，但具體情況還需根據當年的實際情況進行判斷。考生應該密切關注云南大學官方發布的最新信息以及招生動態，以便做出更為準確的判斷和決策。合理的志愿填報和充分準備也是關鍵，希望能給即將迎來人生重要關口的你帶來一些幫助和指導。

考生在填報志愿時應該綜合考慮各種因素，做出明智的選擇。無論最終結果如何，都希望每位考生都能進入心儀的大學和專業，開啟人生新的篇章。